李成梁则托庇其下侵占官私田土。

此等行径导致当地军户被迫盗卖军械、私垦荒地乃至卖儿鬻女，许多村落甚至十室九空。各处的防御工事则更是“墙垣倾圮，壕堑淤塞”。至万历三十四年，李成梁以“孤悬难守”为由，强行内迁宽甸六堡居民时，宽甸六堡人口已经从最繁盛六万余户锐减至不足二万户。屯田产量也已不足繁盛时二成，无力支撑战守需求。辽东军屯崩溃。

当锦州、松山等处士兵因不堪剥削而哗变，李成梁的强迁政策致宽甸六堡居民流离失所，死者狼藉的消息先后传到京师，舆论很快沸腾。

为调查事实并稳定局面，朝廷遂派遣当时已声名赫赫的“天下理官第一”熊廷弼北赴辽东实地按核。

熊廷弼到任后，立刻着手调查。很快证实总兵官李成梁、巡抚赵楫等人确有失地辱国、强徙害民、私通女真等罪。并先后核罢了包括副总兵吴希汉、参将吴世爵、游击郭继川、李如梧等人在内的十余名中高级将领。李成梁也因为黯然离任。

在清除蛀虫、整顿军纪的同时，熊廷弼也在着手恢复民生凋敝已极的辽东。

事实证明，辽东虽然烂得快，但确实也不是一块儿烂地，只要能好好儿经营，恢复也不慢。

任上，熊廷弼清查贪污腐败，归还霸占田土，重申授田政策，吸引逃亡军民，恢复军事训练，整顿火器装备，修葺边墙城堡。经过近三年时间的恢复，至熊廷弼离任时，辽东各处逃亡军民逐渐回归，荒地军屯大半复耕，各处官仓甚至出现盈余。而宽甸地区的人口也在此间逐步恢复至四万余户。

辽东渐渐恢复，野心勃勃的努尔哈赤也暂且蛰伏。万历三十六年十二月，停贡许久的努尔哈赤恢复朝贡。上命颁给建州等卫女直夷人奴儿哈赤、兀勒等三百五十七名贡赏如例。次年努尔哈赤再表恭顺，遣使退还其所占宽甸等处。

努尔哈赤的恭顺显然麻痹了远在千里之外的皇帝和朝廷。

万历三十九年三月，曾民怨沸腾的辽东逐渐归于平静，熊廷弼的按期也接近尾声。当月十七日，熊廷弼上呈其经辽之前的最后一封关于建州女真的奏疏。他在疏中建议，辽东仍然应当坚持联蒙制奴、联海西制建州的策略，并力保北关不失。除了直接请求发兵剿灭努尔哈赤，熊廷弼把该说的话都说了。

四月，疏上，章下兵部，兵部复文：

按臣熊廷弼有疏地界一事，惊扰边鄙，夷汉汹汹，大非国家之福，姑置此而许贡以安地方。

七月，熊廷弼卸任入关。

十月，上命颁给建州等卫补贡夷人奴儿

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